Showing chemical card for N6-Acetyl-L-lysine (CFc000000132)
Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Version | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Creation Date | 2022-08-28 10:25:12 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Update Date | 2022-09-13 18:44:26 UTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemfont ID | CFc000000132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Common Name | N6-Acetyl-L-lysine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Definition | N-epsilon-Acetyl-L-lysine also known as Nepsilon-Acetyllysine or N6-Acetyllysine, belongs to the class of organic compounds known as N-acyl-alpha amino acids. N-acyl-alpha amino acids are compounds containing an alpha amino acid which bears an acyl group at one of its nitrogen atoms. N-epsilon-Acetyl-L-lysine can also be classified as an alpha amino acid or a derivatized alpha amino acid. Technically, N-epsilon-Acetyl-L-lysine is a biologically available sidechain, N-capped form of the proteinogenic alpha amino acid L-lysine. Unlike L-lysine, acetylated lysine derivatives such as N-epsilon-Acetyl-L-lysine are zwitterionic compounds. These are molecules that contains an equal number of positively- and negatively-charged functional groups. N-epsilon-Acetyl-L-lysine is found naturally in eukaryotes ranging from yeast to plants to humans. N-acetyl amino acids can be produced either via direct synthesis of specific N-acetyltransferases or via the proteolytic degradation of N-acetylated proteins (often histones) by specific hydrolases. N-epsilon-Acetyl-L-lysine can be biosynthesized from L-lysine and acetyl-CoA via the enzyme known as Lysine N-acetyltransferase. Post-translational lysine-acetylation is one of two major modifications of lysine residues in various proteins - either N-terminal or N-alpha acetylation or N6 (sidechain) acetylation. Side-chain acetylation of specific lysine residues in the N-terminal domains of core histones is a biochemical marker of active genes. Acetylation is now known to play a major role in eukaryotic transcription. Specifically, acetyltransferase enzymes that act on particular lysine side chains of histones and other proteins are intimately involved in transcriptional activation. By modifying chromatin proteins and transcription-related factors, these acetylases are believed to regulate the transcription of many genes. The best-characterized mechanism is acetylation, catalyzed by histone acetyltransferase (HAT) enzymes. HATs function enzymatically by transferring an acetyl group from acetyl-coenzyme A (acetyl-CoA) to the amino group of certain lysine side chains within a histone's basic N-terminal tail region. Within a histone octamer, these regions extend out from the associated globular domains, and in the context of a nucleosome, they are believed to bind the DNA through charge interactions (positively charged histone tails associated with negatively charged DNA) or mediate interactions between nucleosomes. Lysine acetylation, which neutralizes part of a tail region's positive charge, is postulated to weaken histone-DNA or nucleosome-nucleosome interactions and/or signal a conformational change, thereby destabilizing nucleosome structure or arrangement and giving other nuclear factors, such as the transcription complex, more access to a genetic locus. In agreement with this is the fact that acetylated chromatin has long been associated with states of transcriptional activation. Specific recognition of N6-acetyl-L-lysine is a conserved function of all bromodomains found in different proteins, recognized as an emerging intracellular signalling mechanism that plays critical roles in regulating gene transcription, cell-cycle progression, apoptosis, DNA repair, and cytoskeletal organization (PMID: 9169194 , 10827952 , 17340003 , 16247734 , 9478947 , 10839822 ). N-acetylated amino acids, such as N-epsilon-Acetyl-L-lysine can be released by an N-acylpeptide hydrolase from histones going through proteolytic degradation (PMID: 16465618 ). Many N-acetylamino acids are classified as uremic toxins if present in high abundance in the serum or plasma (PMID: 26317986 ; PMID: 20613759 ). Uremic toxins are a diverse group of endogenously produced molecules that, if not properly cleared or eliminated by the kidneys, can cause kidney damage, cardiovascular disease and neurological deficits (PMID: 18287557 ). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Formula | C8H16N2O3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Average Molecular Weight | 188.2242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Monoisotopic Molecular Weight | 188.116092388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IUPAC Name | 2-amino-6-acetamidohexanoic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Traditional Name | acetyllysine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAS Registry Number | 692-04-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMILES | CC(=O)NCCCCC(N)C(O)=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Identifier | InChI=1S/C8H16N2O3/c1-6(11)10-5-3-2-4-7(9)8(12)13/h7H,2-5,9H2,1H3,(H,10,11)(H,12,13) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
InChI Key | DTERQYGMUDWYAZ-UHFFFAOYSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Belongs to the class of organic compounds known as alpha amino acids. These are amino acids in which the amino group is attached to the carbon atom immediately adjacent to the carboxylate group (alpha carbon). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Super Class | Organic acids and derivatives | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Class | Carboxylic acids and derivatives | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub Class | Amino acids, peptides, and analogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Direct Parent | Alpha amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Substituents |
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Molecular Framework | Aliphatic acyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Descriptors | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Functional Ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physiological effect | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disposition | Biological location
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Process | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Role | Biological role
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Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Properties |
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External Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HMDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DrugBank ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenol Explorer Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FooDB ID | FDB000476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KNApSAcK ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chemspider ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KEGG Compound ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BioCyc ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BiGG ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Wikipedia Link | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
METLIN ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PubChem Compound | 265949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ChEBI ID | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Food Biomarker Ontology | Not Available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synthesis Reference | Benoiton, Leo; Leclerc, Jean. An improved synthesis of e-N-acetyl-L-lysine and similar compounds. Canadian Journal of Chemistry (1965), 43(4), 991-3. |